Fauna Portoryko to mieszanka karaibskich endemitów, gatunków górskich i bogatego świata morskiego. W lasach deszczowych El Yunque, jedynego tropikalnego lasu deszczowego w systemie USA, żyją kolorowe ptaki leśne, w tym symbol wyspy — portorykańska amazonka (Amazona vittata), jedno z najrzadszych papug na świecie, objęte intensywną ochroną. W koronach drzew uwijają się także turkusowe todies, tutejsze kolibry oraz drobne tanagry.
Na skałach i klifach wybrzeża można obserwować fregaty, brązowe głuptaki, pelikany i kulony, a o świcie wielu plażom towarzyszą stadka sieweczek i czapli. W interiorze popularne są niewielkie, nieszkodliwe żabki coquí, które wieczorami wypełniają las charakterystycznym, melodyjnym „ko-kí” — to jeden z najbardziej rozpoznawalnych dźwięków Portoryko.
Pod wodą wyspa prezentuje pełny spektakl karaibskiego życia. Wokół zachodniego i południowego wybrzeża znajdują się rafy koralowe, na których spotkać można papugoryby, ogniczki, murenowate, ławice srebrzystych ryb i kolorowe ryby motylkowe. Regularnie pojawiają się żółwie morskie — zielone, karetty oraz szylkretowe — korzystające z łąk trawy morskiej i spokojnych zatok jako miejsc żerowania. Z łodzi często widać delfiny, a w sezonie zimowym w cieśninach wokół wyspy pojawiają się także wale humbaki migrujące z północy.
To fauna pełna dźwięków, światła i ruchu, idealna do obserwacji zarówno podczas trekkingów po El Yunque, jak i podczas snorkelingu w Rincon, Culebrze czy Vieques.
Flora Portoryko jest niezwykle różnorodna — od wilgotnych lasów El Yunque, przez suche lasy południa wyspy, po tropikalne ogrody pełne kwiatów i owoców. W El Yunque rosną palmy królewskie, paprocie drzewiaste, gęste pnącza, dzikie bromelie i orchidee, które tworzą wielopiętrowy, soczyście zielony las, w którym mgła i deszcz pojawiają się niemal codziennie. W cieniu drzew wyrastają dziesiątki gatunków roślin endemicznych, przystosowanych do życia na stromych, wilgotnych zboczach.
W cieplejszych i suchszych częściach wyspy dominują kaktusy, agawy, sosny karaibskie i drzewa kapokowe, które tworzą zupełnie inny krajobraz — bardziej surowy, ale nadal intensywnie tropikalny. Wybrzeża porastają mangrowce (czerwone, czarne i białe), filtrujące wodę i chroniące zatoki przed erozją; ich korzenie są schronieniem dla tysięcy młodych ryb, krabów i krewetek.
Portoryko jest również krainą owoców tropikalnych. Na targach i w ogrodach królują mango, papaje, gujawy, banany, marakuje, jak również mniej znane owoce, takie jak soursop, quenepa czy tamaryndowiec. W wielu regionach uprawia się kawowce, szczególnie w górskich rejonach Utuado i Jayuya, gdzie klimat pozwala tworzyć ziarna o aromatach orzechów, kakao i karmelu.
Wyspa słynie także z imponujących drzew flamboyán, które latem rozkwitają intensywnie czerwonymi kwiatami, zmieniając ulice i aleje w czerwono-pomarańczowe tunele. W ogrodach i parkach rosną hibiskusy, bugenwille i frangipani, których zapach wypełnia ciepłe, wilgotne wieczory.
Flora Portoryko to harmonijne połączenie bujnej zieleni, kwiatowych akcentów i ekosystemów pełnych życia — od mglistych lasów El Yunque po złote plaże z linią mangrowców.